No intestino, a microbiota é composta principalmente por bactérias, mas também abriga archaea, vírus, protozoários e fungos. A composição da microbiota intestinal é única para cada indivíduo, varia de acordo com nossa genética, a forma como nascemos (tipo de parto), se fomos amamentados ou não, alimentação durante a vida, infecções, uso de medicamentos, hábitos de movimento e sono e, principalmente, dieta. Esta microbiota é altamente dinâmica e evolui ao longo da vida. Doenças costumam afetar muito a microbiota.
A microbiota e os pacientes de terapia intensiva
No ambiente de terapia intensiva, a microbiota intestinal dos pacientes é submetida a vários estresses, incluindo exposição a antibióticos, modificação do trânsito gastrointestinal, nutrição artificial ou sepse que podem levar a uma disbiose durante a hospitalização. De fato, a microbiota intestinal em pacientes criticamente enfermos parece ser diferente da de indivíduos saudáveis, demonstrando uma riqueza e diversidade marcadamente menores, e a quase substituição de gêneros comensais por patógenos oportunistas.
Evidências recentes mostraram que a disbiose em pacientes em unidades de terapia intensiva (UTI) pode ter consequências negativas, diminuindo a sobrevida. Assim, a qualidade da microbiota deve ser considerada como um fator prognóstico autêntico pois afetará todos os órgãos, inclusive aqueles mais prejudicados durante doenças graves (rins, fígado, intestino, coração, pulmão, cérebro).
Em indivíduos saudáveis, a microbiota apresenta variações interpessoais importantes, mas é sempre composta por quatro filos principais: Firmicutes (60–75%), Bacteroidetes (30–40%), Actinobacteria e Proteobacteria. Estes filos desempenham papeis importantes como maior resistência à colonização por bactérias ruins, especialmente Clostridium difficile e outros microorganismos resistentes a antibióticos. É comum que Enterobacterales, Staphylococcus spp., Enterococcus spp. e leveduras como Candida albicans estejam envolvidas em doenças invasivas em pacientes críticos.
Na parte direita da figura acima estão ilustrados os tratamentos classicamente descritos (negrito e preto) atuando na microbiota e compensando ou prevenindo alterações. O transplante de microbiota fecal é o tratamento associado à microbiota mais popular, mas outras soluções visando preservar ou restaurar a integridade da microbiota continuam sendo investigadas, como uso de carvão ativado, probióticos e pós-bióticos.