A medicina funcional olha o ser humano de forma integral. Por isso, preocupa-se com seu estilo de vida (o que come, como come, quanto come, como dorme, quanto dorme, se faz atividade física, se tem contato com a natureza, contato com poluentes, toxinas, os níveis de estresse, como está o funcionamento intestinal) e a relação de tudo isso com a genética. Tudo isso é influenciado por fatores que podem aumentar o risco de doenças (antecedentes e causadores) e processos fisiológicos em andamento (mediadores) que podem gerar desequilíbrios.
Os desequilíbrios aparecem na forma de sinais e sintomas, de doenças em vários sistemas (urinário, cardíaco, respiratório, endócrino etc.). A medicina convencional tende a olhar para os sintomas em primeiro lugar para a obtenção de um diagnóstico. Contudo, muitas vezes ter um diagnóstico faz com que o médico deixe de olhar para outros aspectos importantes da vida do paciente, que deixa de ser tratado como único. A medicina funcional olha também para a parte intermediária desta árvore, que também pode ser representada na forma de uma teia de interconexões metabólicas:
Estes pontos de interconexão estão ligados ao aspecto mental, emocional e espiritual, já que o gerenciamento das emoções, a saúde mental e as crenças espirituais influenciam os processos de saúde e doença. Para aprender mais sobre este tema leia este artigo.