O viroma intestinal compreende vírus capazes de infectar células hospedeiras de mamíferos, bem como células eucarióticas, bacterianas, fúngicas e archaea. Os vírus que infectam bactérias (isto é, bacteriófago ou simplesmente fago) predominam em número e diversidade no viroma. Alguns fagos no intestino são líticos (virulentos). Sequestram a maquinaria de transcrição / tradução da célula hospedeira para gerar muitos mais componentes de fago antes de lisar (romper) a membrana da célula hospedeira e liberar partículas de fago no ambiente local.
No entanto, mais comumente os fagos no intestino são lisogênicos, onde incorporam seu DNA no plasmídeo ou genoma da célula hospedeira e se replicam junto com o hospedeiro ao longo do tempo. Além de se replicar com seu hospedeiro por meio de divisões sucessivas, o fago lisogênico também pode impulsionar a diversificação e a evolução, transmitindo novos genes ao seu hospedeiro bacteriano que pode aumentar a gama de utilização do substrato, induzir virulência, proteger contra superinfecção por fago, fornecer resistência contra antimicrobianos e muitos outros fatores de crescimento positivos (como eliminação de Clostridium) e negativos (como morte celular).
Além de vírus existem muitos fungos no intestino. O excesspo pode ser um indicativo de doença e comprometimento do sistema imune. Os fungos mais comuns identificados (Candida, Malassezia, Geotrichum, Cladosporium) também são patógenos oportunistas. Nas doenças inflamatórias intestinais a quantidade de fungos aumenta, gerando hipersensibilidade visceral.
Dado o potencial de interação das vias sensoriais nociceptivas pelo micobioma, os fungos podem muito bem desempenhar um papel maior no eixo intestino-cérebro do que se pensava anteriormente. A caracterização do viroma e do micoma intestinal ainda está na infância da ciência. Enquanto isso, o que de mais importante podemos fazer é adotar uma dieta baseada em plantas, bem diversificada, muito rica em fibras e fitoquímicos. Estes compostos modulam positivamente o microbioma, ajudando na manutenção da saúde física e mental. Para aprender mais sobre modulação intestinal clique aqui.