A última década testemunhou uma crescente valorização do papel do intestino na saúde geral do corpo. A microbiota intestinal é um regulador chave de um diálogo bidirecional fluente entre o intestino e o cérebro (eixo intestino-cérebro) e que alterações nesta comunicação podem contribuir para o desenvolvimento de transtornos do neurodesenvolvimento e doenças neurodegenerativas.
A desregulação das funções microgliais normais, como a poda e regulação sináptica, está cada vez mais implicada em doenças associadas a déficits cognitivos e transtornos do neurodesenvolvimento. Embora os mecanismos não sejam totalmente compreendidos, os estudos avançam cada vez mais nesta área.
O adequado desenvolvimento e a função do cérebro dependem da diversidade e estrutura da microbiota intestinal e podem, portanto, influenciar a saúde mental. Contudo, esta hipótese é baseada principalmente em testes em animais e em alguns estudos observacionais em humanos que associam alterações da microbiota intestinal a transtornos mentais, incluindo depressão, autismo e Alzheimer.